君子蘭養護管理不當，常會發生爛根爛葉現象，主要原因是通風不良或盆土過於潮濕。其次，植株患上白絹病，會使基部發生黑褐色濕腐，如果不及時防治，也會使植株腐爛。
君子蘭生長最適宜溫度是15℃一25攝氏度，超過30℃，生長受到抑制，如果通風不良，會使葉片萎黃。因此4月下旬盆株放到室外養護時，要創造陰涼通風的環境。可用竹片搭架，蓋上蘆簾做成陰棚，以防陽光直射。炎熱的夏季，更要做好遮陰工作。即使放在室內，也要通風、涼爽。
君子蘭盆土應經常保持濕潤，但切忌過濕。若放在室外養護，多雨季節應及時搬到室內，或用塑膠薄膜擋住雨水，防止水澇爛根。
春季換盆或上盆時，所用盆土要多曬太陽進行消毒，以減少或避免白絹病菌的危害。白絹病菌絲和菌核能在土中或植物殘體上存活多年，病菌能在土中傳播，春夏氣溫高及多雨時容易發生，使植株基部感染而腐爛。
發現白絹病，應及時更換培養土，已腐爛的可拔出植株，剪去腐爛根部，浸人高錳酸鉀500倍液中消毒數小時後取出，放在陰涼處，吹幹傷口，再扡人消毒過的素沙中，放在陰涼地方重新發根。如果能在發病前噴一次50%多菌靈可濕性粉劑500倍液，也能取得較好的防治效果。
白絹病還經常危害蘭花及多肉植物中的鶯尾等。