新生兒腹瀉是新生兒期最常見的腸胃道疾病，又稱新生兒消化不良及新生兒腸炎。
新生兒一旦出現大便稀水樣次數瀕繁時，家長最為著急，不知所措，忙於喂水煮奶，給小兒喂多了怕加重拉稀，喂少了又怕寶寶餓壞了。部分新生兒生後幾天內還在醫院嬰兒室剛喂幾次奶水就拉稀了，甚至還伴有發燒。與感冒的醫務人員接觸不知不覺也發生了便稀次數增加，有時新生兒生後頭幾天很健康，但出院後母奶不夠添了一些牛奶，小嬰兒就受不了，大便次數增加而且水分多有臭味，這是什麼原因呢？
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原因在於新生兒免疫功能差尤其是腸道的免疫能力就更低，當腸道感染時，沒有能力去減弱和中和細菌的毒力。另外，胎兒在子宮內在無細菌的溫室環境中生長，生後立即在眾多的細菌，病毒污染環境中生長，抵抗力太弱了，消化功能和各系統功能的調節機能也比較差，因此，新生兒易患消化功能紊亂，同時也易患感染性腹瀉。
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不同的病原菌引起的腹瀉治療不一樣，採取飲食和補充營養原則和大孩子拉稀一樣的。新生兒剛開始便稀時不能吃過多的奶水，如果母奶不足可添加稀釋牛奶（1份水1份奶）千萬不要操之過急，增加奶量過快。減輕胃腸負擔，適當口服一些淡鹽水，維生素C和已服用胃酶合劑和表飛鳴，幫助恢復消化機能，不同類型的腹瀉使用維生素不同，如可以用一些黃連素，痢特靈，多粘菌素等，如果是病毒引起的腹瀉，家長可不必給小兒消炎藥。如果經過一般治療以後大便不見好轉，水瀉達10余次以上時應抱小兒去醫院診治。
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新生兒患感染性腹瀉時是許多病原菌引起的如細菌、病毒及真菌引起，胎兒分娩時通過母親的陰☆禁☆道，細菌可以通過陰☆禁☆道進入胎兒口內引起感染。污染的奶水、乳☆禁☆頭以及餵奶的瓶子等。家中衛生條件很好，但是母親及護理小孩的阿姨不注意清潔衛生成了帶菌者。有些新生兒患了重病，例如新生兒敗血症，肺炎等也可以通過血流到達腸道，甚至感冒也能把病毒進入腸道內引起腹瀉。不同的細菌和病毒引起的腹瀉症狀也不一樣；輕症的病人表現單純的胃腸道的症狀，拉稀一日5一6次至 10餘次，同時還出現低燒、食奶差、嘔吐、精神弱、輕度腹脹、哭鬧、唇幹、前囟門凹陷。嚴重時大便稀水樣，可增加達到10-20次／日。還伴有高燒嘔吐尿少，嗜睡，家長仔細觀察新生兒，出現手足涼，皮膚發花，呼吸深長，口唇櫻紅色。在換尿布時發現小兒反應差，口鼻周圍發紺，唇幹，眼窩凹陷，出現這種情況，家長千萬不要大意，需要到醫院輸液搶救。
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如果新生兒的大便次數多，黃色，有蛋花湯樣，常伴有血絲和粘液，雖然小兒未進食很多奶，但是有腥臭味，排便時哭鬧，煩躁不安，這類的腹瀉，大多數是一種致病性大腸桿菌引起的，是新生兒時期比較常見的腹瀉，需要加用消炎藥例如黃連素12毫克每日三次及用消化藥和口服補液鹽充水份。服4-5天痊癒。