1．微生物
雲南普洱茶在製作過程中有一道特殊的工序是微生物固態發酵，它是形成普洱茶品質特徵最關鍵的一步。在這一工序中微生物發揮了重要作用，整個微生物固態發酵過程中主要發生了以多酚類為主體的一系列複雜劇烈的生物轉化反應和氧化反應，以及茶多糖的轉化積累。生物轉化是以微生物分泌的胞外酶進行的酶促催化反應為主。
現已證實，普洱茶中的微生物主要為黑麯黴（Aspergillus niger）、根黴（Rhizopus chinehsis）、乳酸菌（Loctobacillus thermophilus）及酵母（Yeast）等。其中黑麯黴最多，它能產生葡萄糖澱粉酶、果膠酶、纖維素酶等；酵母次之，除它本身含有極豐富的對人體有益的營養物質、豐富的酶系統和生理活性物質外，酵母菌還能代謝產生維生素B1、B2、、維生素C等物質。這些微生物對普洱茶品質形成都直接或間接地起作用。
2．水分
水分為普洱茶加工過程中的重要介質。普洱茶加工所用的曬青毛茶一般含水量較低，必須增加茶葉含水量才能在微生物固態發酵中較好地發揮濕熱作用。水分多，物質的擴散轉移和相互作用就顯著，同時，水分就成了化學反應的溶劑和黴菌繁殖的必要條件。尤其是營造中濕條件有利於對普洱茶品質的有益微生物生長，進而形成良好普洱茶品質的化學成分。水分不但是茶葉發酵過程中各種物質變化不可缺少的介質，而且水分本身又是許多物質變化的直接參與者，它分解而成的原子與基團，是發酵過程中多酚類物質的重要氧化產物，或其它一些新形成的化合物必不可少的構成部分。
所以在水分虧缺的情況下，多酚類物質的正常氧化變化途徑，以及其他一些生化變化就會受到影響；多酚類物質氧化成醌類物質後，易於聚合成暗褐色化合物；膠體狀態的酶蛋白，又易於發生凝固作用而喪失催化能力。此外，由於發酵葉堆裡外層葉子水分蒸發程度不一，化學物質的物理狀態和生化變化條件也就不同，氧化作用的進行就會有差別，發生了發酵不勻現象。
這些說明，發酵葉需要有足夠的含水量，發酵環境也需保持有足夠高的相對濕度，發酵才能取得良好的效果。多酚類物質氧化後的水溶性產物，才能有較多的形成與保留。在水熱作用下，會促使茶黃素和茶紅素含量減少，茶褐素含量增加，直接影響著普洱茶茶湯湯色的變化。同時，水解酶的作用使其一部分大分子糖類物質熱裂解成單糖或寡糖，因而單糖含量又趨增加。就品質而言，能給茶湯帶來甜醇。
3． 溫度
溫度對普洱茶品質的影響主要在於兩個方面，一是對渥堆的影響，二是貯藏過程中對普洱茶品質的影響。在普洱茶微生物固態發酵中，一般渥堆葉的溫度保持在符合微生物生長的範圍內，微生物大量滋生，微生物分泌酶的活性也得到了加強，並保持高效的催化活性。因而反應速度快，化學成分變化激烈。另外，普洱茶需要一定時期合理的陳化處理，以進一步提高品質。
因此，創造一個適宜的貯藏環境非常關鍵。其中，溫度和濕度的控制最重要。傳統的普洱茶以雲南曬青毛茶為原料，經蒸壓成型、乾燥、包裝，然後出廠銷售。其陳香品質的形成需較長時間的儲放。儲放環境條件不同，其茶葉品質就有很大的差異。將新加工的普洱茶放在相對乾燥的倉庫裡讓其自然緩慢陳化，以形成普洱茶特有的陳香味，這種茶葉習慣稱之為“幹倉陳普洱”。“濕倉茶”則是將加工好的普洱茶放入濕倉進行處理，以加速其轉化過程，水分的影響是極大的。所以，良好普洱茶品質的形成，合理控制溫、濕度是必要的。
4． 氧氣
氧氣在空氣中的含量約為21%。在空氣中游離態存在的氧氣，大部分是分子態氧氣，其自身的反應性是不強的，可氧氣一旦與其它物質相結合，氧化作用即可發生。茶葉中的多酚類物質、醛類、酮類、類脂、維生素C等物質都能進行自動氧化。多酚類物質的氧化，不論是酶促氧化還是非酶促氧化，是加氧氧化還是脫羥氧化，都是需要氧的。實驗表明，在真空條件下，儘管有多酚氧化酶存在，溫濕度也都適宜，但沒有氧氣，發酵作用也不能進行。說明氧氣在普洱茶發酵過程中是不可缺少的。因此，在發酵過程中保持新鮮空氣流通是十分必要的，是普洱茶醇和爽滑品質形成的重要條件。
5． 光線
普洱茶與其它茶類相比，工藝特點最大的區別就是粗毛茶的曬乾和有益微生物固態發酵。新鮮的原料經過殺青、揉撚後即進行曬乾。但為什麼要用曬乾，而不是烘乾或炒幹？目前還缺乏系統研究。
但是，光線能夠促進植物色素或脂類等物質氧化，葉綠素易受光的照射脫鎂而退色，但脫去的鎂有何作用，是否參與其它化學催化反應，以及脂類物質的氧化是否參與普洱茶香氣成分的形成等等，還有待進一步研究。然而，有一點是清楚的，長時間的光照引起茶葉化學物質的光氧化反應，紫外線比可見光的影響更大。
2014年猛海南糯山500年古樹毛茶發酵茶磚
總之，普洱茶品質的形成是離不開上述因數的。在這些因數的影響下，以雲南大葉種曬青毛茶的內含成分為基質，在微生物分泌酶及其呼吸代謝產生的熱量和茶葉水分的濕熱作用的協同下，形成了普洱茶特有的色香味品質特徵。