1、使用前要清洗去除粉塵，否則這些黑色的粉塵可能暫時會影響水質的清潔度。但建議不要直接用新鮮的自來水沖洗，因為活性炭的多孔隙一旦吸附大量自來水中的氯以及漂白粉，在隨後放置到篩檢程式中使用時對水質造成的破壞，相信勿需我多言。記得活性炭放入水中前要用清水沖4遍左右，把活性炭灰分去除，以免弄髒水箱和魚兒。互相交流。使用活性炭可以取出腥味
2、靠平時簡單的清洗，是無法將活性炭的多孔隙中堵塞的雜物清潔乾淨的。所以，務必定期更換活性炭，以免活性炭因“吸附飽和”而失去功效。且更換的時機最好不要等它失效以後再更換，如此方可確保活性炭能不斷地把水族箱水質中的有害物質去除。建議每月更換1-2次！
3、活性炭的處理水質的效率與其處理用量相關，通常為“用量多處理水質的效果也相對好”。
4、定量的活性炭被使用後，在使用初期應該經常觀測水質的變化，並留意觀測結果，以作為多長時間活性炭失效而更換的時間判斷依據。
5、在使用治療魚病的藥劑時，應該暫時將活性炭取出，暫停使用。以免藥物被活性炭吸附而降低治療效果。
活性碳的效率需視很多的因素而定，水族箱的設缸時間越短，活性炭更換次數就需越頻繁(約一個月一次)，設缸時間越久的水族箱，活性炭在水族箱中的有效時間就越久(約四個月以上)。
活性炭最好是放在網袋中然後再將它系緊固定。裝滿活性炭的袋子可以放在外部的篩檢程式中，或放在滴流式篩檢程式的水槽中。必要時，可以強迫全部的水流通過活性炭，但在某種情況下這會增加篩檢程式運轉的阻力並減低其效用。
因為活性炭的作用非常的慢，所以建議採用部分的水流通過活性炭篩檢程式即可，這樣不會影響到篩檢程式的抵抗性。這個方法的好處在於好氧性與厭氧性細菌可以同時生長在篩檢程式中，好氧性細菌可行氧化分解作用，而厭氧性細菌會在活性炭的無氧地帶，將硝酸鹽分解成氮氣。
因此活性炭過濾材料會隨著時間，由化學的過濾性質轉變為生物的過濾性質。
此外，活性炭過濾材料在水族箱中還有另一種作用。即在使用臭氧機時，必須先將含有臭氧的水流，經過活性炭過濾一遍，以確定過濾過的水沒有任何臭氧存在。