錯合畸形矯治與年齡有一定的關係，各牙齡期都有其矯治的適應症，也就是說不同的錯合畸形，應該在不同的年齡段進行矯治。在適當的時機進行正畸治療可以達到事半功倍的效果。
對於大多數錯頜畸形
可在恒牙初期進行矯治，女孩一般在11～13歲，男孩一般在12～15歲。此時牙齒替換結束，恒牙列基本建立，顱頜面軟硬組織發育尚有部分潛力，組織代謝功能好，牙齒移動效果最顯著，所以這個時期是正畸矯治的“黃金時期”。
對於反合（俗稱“地包天”）
這種影響頜骨發育的錯合畸形要進行早期治療。乳牙列期最佳矯治時間為3~5歲，此時乳牙根已發育完全，且未開始吸收，矯治效果較好，但有一些患者在替牙期或恒牙早期會復發，需密切觀察。替牙期最佳矯治時間應在恒切牙牙根基本發育完成後進行，約在8~9歲左右。
兒童口腔情況需要家長時時關注，如果孩子出現齲齒，或者是乳牙早失，吮指、口呼吸等不良口腔習慣，無論年齡大小，一經發現，家長需要儘早帶孩子去醫院進行檢查，及早干預，進行一定的阻斷矯治，以免造成或加重錯合畸形。
對於早期的骨性錯合畸形
比如上頜發育不足（“地包天”）、上頜發育過度、下頜發育不足（“小下巴”）等可以在生長發育高峰期前及生長高峰期戴用功能矯正器促進或者抑制相應頜骨的生長，使上下頜骨發育接近協調。一般在青春生長高峰期前1-3年，約在10-12歲前（男性高峰期約晚於女性2年左右）進行矯治。在戴用功能矯治器後常需進行後期的常規正畸治療。
對於有明顯遺傳傾向的嚴重骨性錯合畸形
需要等到頜骨完全發育成熟後（約在18～20歲以後）進行正畸和正頜手術聯合治療，才能去的滿意的療效。