牙間刷主要是用於清除難以自潔的牙面和牙間隙的牙菌斑。例如前磨牙裡面凹陷處， 牙線和牙刷都無法清潔，可選用形態適宜的牙間刷，來回摩擦，以清除根分叉、牙頜凹面、最後磨牙遠中面的牙菌斑。 當有牙排列不整齊，口腔內有複雜的修復體或牙根萎縮，根分叉暴露時，可用特製的牙間刷清除鄰間污垢，其效果顯然優於牙籤或牙線，如果能使牙刷壓向鄰間牙體表面，當可收最佳的潔牙效果。 還可用于清潔矯正器、 固體修復體、種植牙、牙周夾板、缺隙保持器以及其他常用牙刷難以達到的部位。
很多蛀牙 都是從牙縫開始的，然而牙刷只能清潔牙齒的內側、外側及咬合面，無論牙縫多大，牙刷都不能完全清理乾淨牙縫中的牙菌斑。所以每日刷牙的工具，除了牙刷之外，還需要牙線或是牙間刷。牙縫小的人使用牙線，牙縫大的人使用牙間刷，牙間刷的粗細0．07～0．15cm，選擇的標準是能夠輕易放進去牙縫的最大尺寸。值得提醒的是，使用牙間刷不能硬塞，否則會傷害到牙齦。選用在金屬刷毛之外還上一層塑膠的牙間刷，比較安全。 牙線一般是用於牙縫比較小的情況。而針對齒縫較寬，裝戴牙齒矯正器、牙橋或者根管治療的使用者，牙間刷更能有效幫助清潔牙齒。牙間刷是一種很小的小牙刷，刷頭是用細的尼龍絲加上不卷鋼絲捲繞而成，刷頭一般會有幾種不一樣大小的尺寸，用以適應不一樣的齒間距或者用途。