植物配置問題
植物種類宜選擇姿態優美、矮小、淺根、抗風力強的花灌木、小喬木、球根花卉和多年生花卉。由於多年生木本植物根系對防水層穿透力很強，因此，應根據覆土厚度來確定種植植物品種。覆土厚100cm可植小喬木;厚70cm可植灌木;若覆土50cm厚，可以栽種低矮的小灌木，如薔薇科、牡丹、金銀藤、夾竹桃、小石榴樹等;若覆土厚30cm,宜選擇冬枯夏榮的一年生草本植物，如草花、藥材、蔬菜。
結構頂板荷載
通常屋頂花園設計時屋頂結構已經完成(部分為已成建築)，屋頂結構還能承受多少重量是我們做屋頂設計的前提條件。如若設計超過建築頂部設計荷載，將會導致屋頂結構處於隨時危險的狀態，此為屋頂花園設計之大忌。因此我們在屋頂花園設計時要考慮設計內容的重量區間，種植土的厚度，最大能種植多大規格的樹等等。
防水和排水
通常原始屋頂是通過屋頂面找坡排水的形式，將雨水引至排水口，屋面做防水層。在屋頂花園設計以後如果不採取專業處理，屋面的雨水無法快速地從排水口排出，將導致屋頂積水、植物根系破壞防水層導致漏水，屋頂植物淹死等問題。所以我們做屋頂綠化設計時要考慮到屋頂有組織排水，屋頂和種植土之間需要鋪設屋頂花園專用排水板，屋頂花園專用排水板不妨礙屋頂自由排水，且有部分蓄水功能，保持屋頂植物的水分，實際工程中屋頂花園專用排水板已經得到廣泛的運用，它的效果也得到了實踐的考驗。
防止植物根系穿刺問題
屋頂綠化植物的根系若不採用阻攔的措施，會對屋頂的結構造成一定的傷害。即使是在僅有防水層或包括壓制層的屋面上，由於空氣的流動作用導致一些植物的種子飄落屋面上，在一定的條件下，植物也能頑強的生長。其後果導致其根系穿透防水層，甚至結構層，從而使整個屋面系統失去作用。在花園無賣弄上，由於塗層的存在，產生了更有利於植物生長的環境。其他的某些外來植物一般都較我們預先鋪設的植物更具生命力，這些植物會不斷侵蝕其他植物的領地。另外，草類植物的根系相當發達並且穿透力較強，對防水層及結構層的破壞力也很大。所以在建築物的結構層上進行園林建設時，就必須引導和限制植物根系的生長。否則，植物根穿透防水層會造成防水功能失效;植物根穿透結構層而造成更為嚴重的結構破壞。綜上所述，從經濟和安全角度考慮，植物根阻攔層的設置對於花園屋面的建設是不可或缺的。如果忽略植物根阻攔層的設置，將造成因小失大的嚴重後果。
抗風性
屋頂花園的設計中為了功能和美觀的需要，有時需要設計一些構架，小品等立於屋頂之上。如果必須設計這些，我們將會遇到一對矛盾體。A,屋頂往往風力較低面大，則需要構架基礎更牢固;B,在屋頂沒有條件將基礎埋於土下很深處，在屋頂上植筋效果不理想還破壞屋頂防水層也是不可取的。這是一對矛盾體，解決這對矛盾的方法就是為之設計放大基礎。
