進入秋季，正是大多數花卉一年中的第三個生長旺盛期，因此水肥供給要充足，才能茁壯生長，開花結果。到了深秋之後，天氣變冷，水肥供應要逐步減少，防止枝葉徒長，利於提高抗寒能力。具體地講，對於一些觀葉類花卉，比如：文竹、吊蘭、龜背竹、棕竹、蘇鐵等，一般可每隔半個月左右施肥一次。對於一年開花一次的梅花、臘梅、山茶、杜鵑、迎春等，應該及時追施以磷肥為主的液肥，以免養分供應不足，導致第二年春天的時候花小甚至落蕾。
菊花從孕蕾開始到開花前，一般最好每週施一次稀薄餅肥水。盆栽的桂花，入秋後施以磷為主的腐熟稀薄的餅肥水、魚雜水或淘米水。
對於一年開花多次的月季、米蘭、茉莉、石榴、四季海棠等，應該繼續加強水肥管理，使其花開不斷。對於一些觀果類的花卉，如金桔、佛手、果石榴等，應繼續施2-3次磷鉀肥，能夠促使果實豐滿，色澤豔麗。
對一些夏季休眠或半休眠的花卉，如仙客來、倒掛金鐘、馬蹄蓮等，初秋便可換盆換土，盆中加入底肥，按照每種花卉生態習性，進行水肥管理；北方地區10月份天氣已逐漸變冷，大多數花卉就不再施肥了。除了對冬季或者早春開花可以根據實際需要繼續進行正常澆水外，對於其他花卉應該逐漸減少澆水量和澆水次數，盆土不幹就不要澆水，以免水肥過多導致枝葉徒長，影響花芽分化和遭受凍害。