空氣淨化器主要由馬達、風扇、空氣過濾網等系統組成，其工作原理為：機器內的馬達和風扇使室內空氣迴圈流動，污染的空氣通過機內的空氣過濾網後將各種污染物清除或吸附，某些型號的空氣淨化器還會在出風口的加裝負離子發生器（工作時負離子發生器中的高壓產生直流負高壓），將空氣不斷電離，產生大量負離子，被微風扇送出，形成負離子氣流，達到清潔、淨化空氣的目的。
被動吸附過濾式的淨化原理(濾網淨化類)
被動式空氣淨化器的主要原理是：用風機將空氣抽入機器，通過內置的濾網過濾空氣，主要能夠起到過濾粉塵、異味、有毒氣體和殺滅部分細菌的作用。而濾網主要分為：顆粒物濾網和有機物濾網。顆粒物濾網又分為粗效濾網、和細顆粒物濾網。
這類產品的風機以及濾網的品質決定了空氣淨化的效果，機器放置的位置以及室內的佈局也會影響淨化效果。
主動式的淨化原理(無濾網型)
主動式的空氣淨化器的原理與被動式空氣淨化原理的根本 區別就在於，主動式的空氣淨化器擺脫了風機與濾網的限制，不是被動的等待室內空氣被抽入淨化器內進行過濾淨化，而是有效、主動的向空氣中釋放淨化滅菌因數，通過空氣會擴散的特點，到達室內的各個角落對空氣進行無死角淨化。
市場上淨化滅菌因數的技術主要有銀離子技術、負離子技術、低溫等離子技術、光觸媒技術和淨離子群離子技術等，該類產品最大的缺陷就是臭氧釋放量超標的問題。
雙重淨化類（主動淨化+被動淨化）
這種淨化器其 實就是將被動式淨化的技術與主動淨化類的技術進行結合。
淨化效果
首先從空氣淨化效率 來比較。被動式吸附淨化模式的空氣淨化器由於大多採用風機+濾網的模式進行空氣淨化，風利用空氣的流動就難免存在死角，因此被動式的空氣淨化大多只能在空氣淨化器放置的周圍產生一定的淨化效果，很長時間才能將室內空氣全部過濾一遍，很難對整個室內環境的淨 化產生效果。
主動式的空氣淨化是利用空氣的彌漫性的特點將淨化因數到達各個角落進行空氣淨化，空氣能夠彌漫到的地方均可以產生淨化效果。拿負離子空氣淨化器進行比較發現，對空氣中釋放負離子後，負離子能夠主動出擊、尋找空氣中的污染顆粒物，並與其凝聚成團，主動將其沉降。僅從這一點來說，主動式的空氣淨化就有著比較明顯的優越性。
其次是對小顆粒空氣污染物的清除效果進行比較。空氣污染物中對人危害最大的就是直徑小於2.5微米的細顆粒物（即PM2.5，醫學上叫可入肺顆粒物）。
而用基於主動淨化原理進行空氣淨化的負離子空氣淨化器進行對比發現，空氣中小粒徑的負離子不僅能夠輕易去除空氣中的大粒徑顆粒物，而且對於空氣淨化器直徑小於0.01洀、在工業上難以除去的微粒飄塵，有百分之百的沉降去除效果。仿大自然的生態級負離子生成技術已經問世，其特點是粒徑小、活性高，以其優異的擴散效果和保健效果達到更佳的空氣優化效果。
最後是對空氣 處理的 品質進行對比分析。研究發現，被動式的空氣淨化原理下，如果其濾網孔徑能足夠小對於空氣處理的結果只能達到淨化的目的，即只能得到“乾淨”的空氣；而負離子空氣淨化器則不同，不僅能夠有效去除空氣中的顆粒污染物、分解甲醛等有害氣體，向室內環境提供乾淨的空氣，還可以向室內環境提供對人體療養保健有著高效作用的空氣負離子，使室內空氣品質達到“健康空氣”的標準。