淨化空調系統、潔淨室的運行管理主要應做好以下幾項工作：保證潔淨室內要求的空氣溫度和相對濕度；保證潔淨室內潔淨度；制定嚴格的管理規章制度。
一、保證潔淨內要求的空氣溫度和相對濕度
在潔淨室內，如果空氣溫度過低，不便於工作的正常進行；如果溫度過高，則會使室內工作人員產生過多的汗液，汗液揮發成微小粒子進入空氣中，從而增加了潔淨室內空氣中含塵粒子數，進而使其潔淨度級別有所下降，無法保證工藝條件的要求。因此，保證潔淨室內要求的空氣溫度和相對濕度是空調系統進行的必要條件。
二、保證潔淨室內潔淨度的措施
要保證潔淨室內要求的潔淨度，對正常運行的淨化空調系統、潔淨室，必須做到進入潔淨室內的空氣是清潔的，進入潔淨室內的人和物品就應該經過必要的淨化處理，儘量減少人和物帶入潔淨室內的灰塵量。要保證潔淨室內的潔淨度應採取以下主要措施：保證人淨的措施；保證進入潔淨室物料的淨化；保證進入潔淨室內的空氣是潔淨的；保證淨化空調系統的送風量；按要求保證潔淨室內的正靜壓值；儘量減少潔淨室的產塵量；保證對潔淨室內的定期清掃。
1、保證人淨的措施有
人體散發的污染物質主要有自身產生的污染物和攜帶物。人淨措施主要包括水洗、換鞋和衣服及空氣吹淋3個方面：
（1）水洗。用水洗去手、臉甚至全身體表皮臨時附著物和積存的體表排出物；
（2）換衣、鞋。為了減少從室外帶入潔淨室的污染物，進入潔淨室內的人員一般都在經過換鞋和衣服。至少應將外出鞋、衣服以及多毛的內衣脫掉，對無菌行業還要脫掉全部外出服和內衣、而後換用適合潔淨室或無菌室工作的服裝。外出鞋攜帶污染物最多，須在入口處採取水洗、吸塵和粘著等方式進行處理，以免嚴重污染入口門廳；
（3）空氣吹淋。空氣吹淋是用高速潔淨空氣吹掃全身服裝及裸☆禁☆體表面的臨時附著物，採用水洗、換衣和空氣吹淋3個方面的措施，可以在一定程度上減少人體服裝攜帶的外界污染物，減少因直接接觸而造成的污染，把身體的大部分及內衣與室內空氣隔離開。使頭髮與皮膚的脫落物以及內衣的纖維子不容易播散出來、以減少人體在潔淨室內塵粒的散發量。
2、保證進入潔淨室物料的淨化
進入潔淨室內的物料應在運入潔淨室之前進行清洗和必要的淨化處理，以減少物料在潔淨室內的發塵量。進入潔淨室的小件物品一般由潔淨室與外走廊或潔淨室之間（潔淨度級別不同的相鄰房間）通過傳遞窗進入。
3、保證進入潔淨室的空氣是潔淨的
淨化空調系統在運行中，所使用的各級空氣篩檢程式必須是完好而無破損或洩漏。為防止送風系統將不應進入室內的塵粒帶進室內，必須對系統中使用的初效、中效及末端空氣篩檢程式進行定期的洩漏檢查。
4、保證淨化空調系統的送風量
保證空調系統的送風量就是保證潔淨室內的換氣次數，以滿足室內氣流組織的需要。淨化空調系統在正常運行時，應定期對系統的送風量進行測定，測點可選在送風機進（出）口處和送風口處。因為系統的送風量在設計時是從能量的消耗量，室內應有的氣流組織等諸方面來綜合考慮的。如果系統送風量過低，則會使潔淨內送風口處的氣流速度降低，從而破壞室內的氣流組織形式，使室內受到污染的空氣無法排出，達不到室內要求的潔淨度等級。
5、按要求保證潔淨室內的正靜壓值
潔淨室在運行中一般都要求其與鄰室、走廊（包括外走廊）之間保持一定的正靜壓差，即潔淨室內的靜壓值高於鄰室（不同潔淨級別的房間）、走廊的靜壓，以避免鄰室、走廊等含塵濃度較高的潔淨室外部的空氣對其造成污染。因此潔淨室和淨化空調系統在運行中，應注意經常檢查、保養、調整和修理系統中的餘壓閥，以及壓力感測器、變送器、調節器和執行器，使之處於正常運行狀態，維持室內要求的正靜壓值。
6、儘量減少潔淨室的產塵量
僅僅從淨化空調系統的運行和管理方面來考慮，解決影響潔淨室內潔淨室內潔淨度的外部條件是不夠的，還應解決影響潔淨室內潔淨度的內部原因。在潔淨室內，產生塵埃的因素有兩個：一是設備的運轉，二是操作人員的活動。因此，應從此兩方面控制潔淨室的產塵量。
7、保證對潔淨室內的定期清掃
潔淨室運行一段時間後，總免不了在一些死角、壁面、檯面上會積存一些塵埃，如果不及時進行清掃，這些塵埃在較大氣流的衝擊或其他某種擾動下，會重新捲入室內空氣中，從而增加了室內空氣塵粒的濃度，使室內空氣的潔淨度等級下降，無法保證工藝的正常進行。因此對潔淨室進行定期的清掃是必不可少的。對潔淨室內部的清掃，可採用分散可集中式真空掃除的方法進行。