節能是我國可持續發展戰略中的重要能源政策。但是，長期以來，藥廠潔淨室設計中針對的主要矛盾是微粒，而節能問題一直未引起高度重視。隨著我國GMP達標藥廠的潔淨室建設規模迅速發展與擴大，從藥廠潔淨室設計上採取有力措施來降低能耗，節約能源，已到了刻不容緩的地步，而從建築佈局、工藝條件上採用先進的節能技術和措施，可有效地降低能耗和藥品生產成本。
1、設計合適的車間型式
現代藥廠潔淨廠房以建造單層大框架正方形大面積廠房最佳。其顯著優點是外牆面積最小、能耗低，可節約建築、冷熱負荷的投資和設備運轉費用。另外，可控制和減少窗牆比，加強門窗構造的氣密性。此外，在有高溫差的潔淨室設置隔熱層，圍護結構採用隔熱性能和氣密性好的材料及構造，建築外牆內側採用保溫或夾芯保溫複合牆板；在濕度控制房間設置有良好防潮性能的密封室：這些措施均能達到節能的目的。
2、減少潔淨空間體積
潔淨空間的減少，意味著風量比、換氣次數、送風動力消耗都隨之降低。潔淨室每平方米耗能是普通空調辦公樓的10~30倍。若減少潔淨體積30％，可節能25％。又由於1萬級潔淨區電耗是10萬級的2.5倍，因此，企業應按不同的空氣潔淨度等級要求分別集中佈置，盡最大努力減少潔淨室特別是高級別潔淨室的面積，同時，應使潔淨度要求高的潔淨室儘量*近空調機房，以減少管線長度，降低能量損耗。
減少潔淨空間體積的實用技術之一是建立潔淨隧道或隧道式潔淨室，其可以滿足生產對高潔淨度環境和節能的雙重要求，使潔淨工藝區空間縮小到最低限度，風量大大減少。另外，還可採用潔淨隧道層流罩裝置，以抵抗潔淨度低的操作區對潔淨度高的工藝區可能存在的干擾與污染。在同樣的總風量下，可以擴大罩前潔淨截面積5~6倍。同時，還可通過潔淨小室、潔淨工作臺、自淨器、微環境等形式，如帶層流裝置的稱量工作臺以及帶層流裝置的灌封機等，實行局部氣流保護，以維持該區域的高潔淨級別要求，且減少潔淨空間體積。
3、降低潔淨室污染值
降低潔淨室的污染值也有利於藥廠潔淨室的節能。潔淨室空氣的主要污染源不是人，而是新型建築裝飾材料、清潔劑、粘接劑、現代辦公用品等。因此，使用低污染值的綠色環保材料可使藥廠潔淨室的污染狀態很低，這也是減少新風負荷，降低能耗的很好的途徑。
4、合理設計空氣潔淨等級
在藥廠潔淨室設計中，對空氣潔淨度等級標準的確定，應在保證生產品質的前提下，綜合考慮工藝生產能力、設備的大小、操作方式和前後生產工序的連接方式、操作人數、設備自動化程度、設備檢修空間、設備清洗方式等因素，以降低投資和運行費用，達到節能要求。一是按生產要求確定淨化等級，如對注射劑稀配可定為1萬級，而濃配對環境要求不高，可定為10萬級。二是對潔淨度要求高、操作崗位相對固定的場所使用局部淨化措施。如大輸液的灌封等可在1萬級背景下局部100級的生產環境內操作。三是允許隨生產條件的變化調整生產環境潔淨要求。如注射劑稀配1萬級，當採用密閉系統時生產環境可為10萬級。
5、根據不同季節調控溫濕度
在滿足生產工藝的前提下，從節能的角度出發，需要確定合適的潔淨度等級、溫度、相對濕度等參數。GMP規定的藥廠潔淨室生產條件為：溫度18℃～26℃，相對濕度45%～65％。考慮到室內相對濕度過高易長黴菌，不利於潔淨環境的維持，過低易產生靜電，使人體感覺不適。根據製劑生產實際，只有部分
工藝對溫度或相對濕度有一定要求，其他均著眼于操作人員的舒適感。因此，從我國人們的習慣和體質看，夏天溫度應從24℃升高到26℃，相對濕度45%~65%比較合適。冬天應該在20℃以上，而相對濕度從45％降到自然狀態（如20％）則節能是明顯的。