淨化空調系統既要服從建築總體佈局，建築佈局也要符合淨化工程空調系統的原則，才能充分發揮相關功能的作用。淨化空調的設計者不僅要瞭解建築佈局以考慮系統的佈置，而且要給建築佈局提出要求，使其符合潔淨室原理。
一、潔淨室的平面佈局
潔淨室一般包括潔淨區、准潔淨區和輔助區三部分。
潔淨室的平面佈置可以有以下幾種方式：
1.外廊環繞式：外廊可以有窗和無窗，兼作參觀和放置一些設備用，有的在外廊內設值班採暖。外窗必須是雙層密封窗。
2.內廊式：潔淨室設在週邊，而走廊設在內部，這種走廊的潔淨度級別一般都較高，甚至和潔淨室同級。
3.兩端式：潔淨區設在一邊，另一邊設准潔淨和輔助用房。
4.核心式：為了節約用地、縮短管線，可以潔淨區為核心，上下左右被各種輔助用房和隱蔽管道的空間包圍起來，這種方式避開室外氣候對潔淨區的影響，減少了冷熱能耗，利於節能。
二、人身淨化路線
為了在操作中儘量減少人活動產生的污染，人員在進入潔淨區之前，必須更換潔淨服並吹淋、洗澡、消毒。這些措施即“人身淨化”簡稱“人淨”。
人淨用房中更換潔淨服的房間應予送風，並對入口側等其他房間保持正壓，對廁所、淋浴保持少許正壓，而廁所、淋浴應保持負壓。
三、物料淨化路線
各種物件在送入潔淨區前必須經過淨化處理，簡稱“物淨”。
物料淨化路線與人淨路線應分開，如果物料與人員只能在同一處進入潔淨室，也必須分門而入，物料並先經過粗淨化處理。對於生產流水線不強的場合在物料路線中間可設中間庫。如果生產流水線很強，則採用直通式物料路線，有時還需要在直通路線中間設多次淨化、傳遞設施。在系統設計上，物淨用房的粗淨化和精淨化階段由於會吹落很多生微粒，所以相對潔淨區應保持負壓或零壓，如果污染危險性大則對入口方向也要保持負壓。