藥廠淨化車間在滿足生產工藝的前提下，應從節能的角度出發，需要確定合適的潔淨度等級、溫度、相對濕度等參數。那麼藥廠淨化車間如何進行節能還能達到淨化的目的呢?
1、選用低能耗設備
藥廠淨化車間風機在工作情況下的效率不得低於最高效率的90%。因此，潔淨室設計時，選用低能耗設備也是節能的重要措施。
2、空調系統規模適宜
藥廠淨化車間空調系統也不宜過大，多層廠房宜按樓層設置系統。空調系統太長、太大將會增加風機能耗、風量分配以及調節上的問題。
3、人員、物料的淨化措施
藥廠淨化車間潔淨達標取決於人員和物料的淨化達標。為保證施工及施工後期的場地淨化，杜絕因人員、物料等交叉作業對淨化工作帶來的不利影響，下面對進入施工現場的人員、物料制定了相應的規定：
(1)藥廠淨化車間在廠房入口處設有淨鞋、更衣設施，工程後期進入場地均需換鞋、更衣，禁止將各種雜物帶入施工現場。
(2)淨化車間所有設備、零部件及其他材料進入施工現場前，先要清理保潔，達到一定潔淨要求後才允許進入施工現場。
(3)已安裝的設備部件在清潔後及時封閉，清潔完的雜物及時包裹後送出施工現場。每步隱蔽工序都進行嚴格的潔淨驗收。
(4)藥廠淨化車間系統調試前，需對施工現場自上而下，從裡到外進行一次徹底的人工清潔工作。所有陰陽角及孔洞口等部位都用空壓機、吸塵器進行吹掃，吸附，擦拭，最後再以白布擦拭驗收。所有牆面、地面等部位都全面消毒擦拭。所有進入潔淨區的調試人員都換上專用服裝，經消毒後才允許進入施工現場。
4、外部環境整治
在淨化車間投產前，對所有施工外部現場的建築垃圾都要進行徹底清理，並同時做好園區綠化、硬化、美化，將各建築物中間地帶用綠化帶進行隔離，不需綠化的場地全部硬化，並設專人每日清潔灑水保潔，做到廠區清潔衛生，整齊有序。