實驗室通風是控制室內壓力、潔淨度、溫濕度的關鍵所在，也就是說通風系統是保障實驗室內作業人員安全、標本安全、環境安全的核心技術。
實驗室通風與舒適性空調系統的通風設計要求不同，主要目的是提供安全、舒適的工作環境，減少人員暴露在危險空氣下的可能。通風主要解決的是工作環境對實驗人員的身體健康和勞動保護問題。
實驗室通風要求新風全部來自室外，然後100%排出室外，通風櫃的排氣不在室內迴圈。化學實驗室換氣要求每小時大於10次，物理實驗室每小時大於10次，實驗室無人時換氣可減少為6次。實驗室通風櫃設計數量要足夠，並且不作為唯一的室內排風裝置，儀器室或產生危險物質的儀器上方設局部排風系統。
實驗室的補風一部分來自空調系統直接送入實驗室的新風，這部分新風根據實驗室排風量的變化而變化;另一部分通過空調系統送入非實驗室區域的走道、房間再通過實驗室的門縫補給。實驗室的負壓通過送、排風風量和送排風口的佈置來實現，氣流組織從辦公、管理用房、內走道、到產生危險物質的實驗房間。通風櫃的位置佈置在遠離空氣流動、紊流大的地方，遠離行走區域和空氣新風區。新風從遠離通風櫃的方引入，空氣流動路徑遠離通風櫃。
實驗室通風系統會受到實驗室內部通風櫃操作、進出實驗室等影響，受到影響後的通風效果會絮亂，這樣的環境會有很大的安全隱患，沒法正常的保護人員與標本安全，所以在實驗室通風效果控制上我們也要考慮眾多因素，排除安全隱患。