生物潔淨室的驗證的步驟主要分為3個部分：安裝的驗證、操作的驗證和性能的驗證。驗證的檔需要提供原始的驗證記錄、驗收的標準、材料和驗證時所需要的檔清單，並按照驗證的步驟有序的進行。
1.首先在驗證我們需要制定相關的驗證計畫，需要詳細的羅列要驗證的設備、系統、方法、過程和時間表，對於新的工藝和系統還必須進行設計驗證。
2.安裝驗證包括多有的檢驗資訊和地點，以及所需要的輔助設施和設備的安全性能。關於安裝驗證的檔所包括的名稱需要比較詳細。一般標準的安裝驗證檔主要包括：名稱、系統的描述、型號和編號、安裝地點、安裝所需的輔助設施、所需連接和設備以及設施的安全性能要求。另外安裝檔應提供購買設備產品的比較、所有的圖紙和手冊的備份，以及都買的合同號碼和相關附件。
3.操作的驗證是對操作過程給予核對總和證明，其中包括對設備的所有的報警點、所有的開關顯示、操作和功能給予證明。操作的驗證需要給出操作、維護和校驗過程中的實施的手冊，還需要記錄操作人員的培訓計畫、靜態和動態的測試以及設備相關操作性能的證明。操作驗證需要對所有的操作進行驗收。標準操作驗證的檔應包括設備和系統的校驗、操作前的準備工作以及正確的操作程式和相關驗收的標準。
4.性能的驗證是在安裝驗證和操作驗證完成並進行了確認工作後才進行的。性能驗證的檔描述了其系統和設備在正常的工作條件甚至在惡劣的環境下都能穩定工作的文件。性能的驗證應包括對預先制定的工藝過程的描述、詳細的相關性能測試以及對設備每個測試的驗收標準。