潔淨室的潔淨度往往受到氣流的影響，換言之，即人、機器隔間、建築結構等所產生的塵埃之移動、擴散受到氣流的支配。潔淨室系利用HEPA、ULPA過濾空氣，其塵埃的收集率達99.97~99.99995%之多，因此經過此篩檢程式過濾的空氣可說十分乾淨。然而潔淨室內除了人以外，尚有機器等之發塵源，這些發生的塵埃一旦擴散，即無法保持潔淨空間，因此必須利用氣流將發生的塵埃迅速排出室外。
潔淨室內的氣流是左右潔淨室性能的重要因素，一般潔淨室的氣流速度是選0.25~0.5m/s之間，此氣流速度屬微風區域，易受人、機器等的動作而干擾趨於混亂、雖提高風速可抑制此一擾亂之影響而保持潔淨度、但因風速的提高，將影響運轉成本的增加，所以應在滿足要求的潔淨度水準之時，能以最適當的風速供應，以達到適當的風速供應以達到經濟性效果。
另一方面欲達到潔淨室潔淨度之穩定效果，均一氣流之保持亦為一重要因素，均一氣流若無法保持，表示風速有異，特別是在壁面，氣流會延著壁面發生渦流作用，此時要實現高潔淨度事實上很困難。
垂直層流式方向要保持均一氣流必須：(a)吹出面的風速不可有速度上的差異；(b)地板回風板吸入面之風速不可有速度上的差異。速度過低或過高(0.2m/s，0.7m/s)均有渦流之現象發生，而0.5m/s之速度，氣流則較均一，目前一般潔淨室，其風速均取在0.25~0.5m/s之間。
影響潔淨室的氣流因素很多，如制程設備、人員、潔淨室組裝材、照明器具等，同時對於生產設備上方氣流的分流點，亦應列入考慮因素。
一般操作臺或生產設備等表面的氣流分流點，應設于潔淨室空間與隔牆板間距2/3之處，如此可使作業人員工作時，氣流可從制程區內部流向作業區，而將微塵帶走；若分流點配置在制程區前方，將成為不當的氣流分流，此時大部份的氣流將流至制程區之後，作業員操作所引起的塵埃將被帶到設備後面，工作臺因而將受到污染，良率也勢必降低。
潔淨室內的工作桌等障礙物，在相接處均會有渦流現象發生，相對地在其附近之潔淨度將會較差，在工作桌面鑽上回風孔，將使渦流現象減少最低；組裝材料之選擇是否恰當、設備佈局是否完善，亦為氣流是否成為渦流現象之重要因素。