潔淨室的氣流組織與一般空調房間有所不同，它要求將最乾淨的空氣首先送到操作部位，它的作用在於限制和減少對加工物的污染。為此，在設計氣流組織時應考慮這些原則：儘量減少渦流，避免將工作區以外的污染帶入工作區；儘量防止灰塵的二次飛揚以減少灰塵對工件的污染機會；工作區的氣流要儘量均勻，且其風速要滿足工藝和衛生要求，當氣流向回風口流動時要使空氣中的灰塵能有效的帶走。根據不同的潔淨度要求，選擇不同的送、回風方式。
不同的氣流組織，各有其特點和範圍：
（1)垂直單向流：均可獲得均勻向下氣流，便於工藝設備佈置，自淨能力強，可簡化人身淨化設施等共同設施等共同優點外，四種送風方式還有其各自優缺點：滿布高效過濾器具有阻力低、更換篩檢程式週期長等優點，但頂棚結構複雜，造價高；側布高效篩檢程式頂送、全孔板頂送與滿布高效篩檢程式頂送的優缺點相反，其中全孔板頂送在系統非連續運行時，孔板內表面易積塵，維護不好，對潔淨度有些影響；密集散流器頂送，因需要一段混和層，所以只適用於4m以上高大潔淨室，其特點與全孔板頂送相仿；對於相對兩側格柵的板和相對兩側牆下部均勻佈置回風口的回風方式僅適用兩側淨間距小於6m的潔淨室；單側牆下部布回風口僅適用對牆間距較小(如≤<>
（2)水準單向流：只在第一工作區達到100級潔淨度，當空氣流向另一側的過程中含塵濃度逐漸升高，所以僅適用於同一房間工藝過程有不同潔淨度要求的潔淨室；送風牆局部布高效篩檢程式較滿布水準送可減少高效篩檢程式用量，節約初投資，但局部區域有渦流。
（3)亂流型氣流：孔板頂送和密集散流器頂送的特點與前述相同，側送的優點易於管道佈置，無需技術夾層，造價低，有利於舊廠房改造，缺點是工作區風速較大，下風側比上風側含塵濃度高；高效篩檢程式風口頂送具有系統簡單、高效篩檢程式後無管道、潔淨氣流直接送達工作區等優點，但潔淨氣流擴散緩慢，工作區氣流較均勻；不過當均勻地佈置多個風口或採用帶擴散板地高效篩檢程式風口時，也可使得工作區氣流較均勻；但在系統非連續運行地情況下，擴散板易積塵。
以上論述均屬於較理想狀態，也是國家有關規範、標準或設計手冊所推薦。實際工程中或受限於客觀條件，或由於設計者地主觀原因而未設計好氣流組織，常見的有：垂直單向流採取相鄰兩側牆下部回風，局部百級採用上送上回(即局部送風口下未加下垂圍簾)，亂流型潔淨室採用高效篩檢程式風口頂送上回或單側下回(對牆間距較大)等，這些氣流組織方式經實測，其潔淨度大多數都達不到設計要求。
由於現行規範規定空態或靜態驗收，個別的這類潔淨室在空態或靜態下勉強達到設計的潔淨度級別，但抗污染干擾能力很低，一旦潔淨室進入工作狀態就達不到要求。正確的氣流組織局部區域應設圍簾下垂至工作區高度，10萬級也不應採用上送上回。還有目前大多數工廠生產的帶擴散板的高效送風口，其擴散板都只是裝飾性孔板而不起擴散氣流作用，請設計者和用戶要特別注意。