I、II級潔淨手術室應每間採用獨立淨化空調系統，III、IV級潔淨手術室可2-3間合用一個系統；新風可採用集中系統； 各手術室應設獨立排風系統
淨化空調系統空氣過濾的設置，應符合下列要求：至少設置三級空氣過濾、第一級應設置在新風口或緊靠新風口處、第二級應設置在系統的正壓段、第三級應設置在系統的末端或緊靠末端的靜壓箱附近，不得設在空調箱內。 注意：新風也應三級過濾。
國家標準《醫院潔淨手術部建築技術規範》(GB 50333－2002)中的原文如下：
淨化空調系統中的各級篩檢程式應採用一次拋棄型。
淨化空調系統中使用的末級篩檢程式應符合下列要求：
1. 不得用木框製品；
2 .成品不應有刺激味；
3 .使用風量不宜大於其額定風量的80％。
靜電空氣淨化裝置不得作為淨化空調系統的末級淨化設施。
當送風口集中佈置時，末級篩檢程式宜採用鈉焰法效率不低於99.99％的B類高效空氣篩檢程式；當風口按常規分散佈置時，Ⅳ級潔淨手術室和Ⅲ、Ⅳ級潔淨輔助用房的末級篩檢程式可用對≥0.5μm 大氣塵計數效率不低於95％的亞高效空氣篩檢程式。
潔淨手術室內的回風口必須設過濾層(器）。當系統壓力允許時，應設對≥1μm 大氣塵計數效率不低於50％的中效過濾層(器)，回風口百葉片應選用豎向可調葉片。必要時回風口可設置碳纖維篩檢程式。
系統中第一級的新風過濾，應採用對≥5μm 大氣塵計數效率不低於50％的粗效篩檢程式、對≥1μm 大氣塵計數效率不低於50％的中效篩檢程式和對≥0.5μm 大氣塵計數效率不低於95％的亞高效篩檢程式的三級篩檢程式組合。必要時，可單獨設置新風管道，並加設吸附有害氣體的裝置。