目前養豬場沒有一個免疫程式可通用，而生搬硬套別人的免疫程式也不一定行得通，何時接種何種疫苗，許多養豬場都存在疑問，最好的做法是根據本場的疫病實際發生情況，考慮豬場所在地區的疫病流行特點，結合豬群的種類、年齡、飼養管理、母源抗體的干擾以及疫苗的性質、類型和免疫途徑等各方面因素和免疫監測結果，制定適合本場的免疫程式，並著重考慮下列因素：
1、首免時間的確定
首免時間要根據疫病發生規律、母源抗體水準和疫苗產生抗體的時間來綜合分析確定。
1.1不同的疫病有不同的流行規律，有的疫病各種品種、年齡和性別的豬均可感染(如豬瘟)，而有的疫病只危害一定年齡階段的豬(如仔豬副傷寒主要侵害1～4月齡的仔豬，尤其多見於剛斷奶的仔豬)。有的傳染病一年四季均可發生（如豬瘟），有的傳染病發生有一定季節性（如日本乙型腦炎多發於天氣炎熱、蚊子活躍的季節，流行性腹瀉多發於寒冷季節）。因此，應依據不同疫病發生的不同生長階段和季節，結合疫苗產生抗體的時間確定免疫時間，在疫病發生前達到有效免疫水準。
1.2仔豬初次免疫接種前，應瞭解母豬群的免疫狀況，進行母源抗體檢測，應按母源抗體的消長情況選擇適宜的時機，最好選定在母源抗體不會影響疫苗的免疫效果而又能防禦病毒感染時段。如果接種過早則母源抗體水準過高，中和抗原，導致免疫失敗；過晚則母源抗體水準過低，出現沒有保護力的免疫空白期，加大傳染病發生的風險。
2、母源抗體干擾
母源抗體的被動免疫對新生仔豬來說十分重要，然而對疫苗的接種也帶來一定的影響。免疫程式的關鍵是排除母源抗體干擾，確定合適的首免日齡。最好選定在仔豬持有的母源抗體不會影響疫苗的免疫效果而又能防禦病毒感染的期間，即母源抗體為1：8~64時。如在母源抗體效價尚高時接種疫苗，即會被母源抗體中和掉部分弱毒，阻礙疫苗弱毒的複製，仔豬就不能產生堅強的主動免疫力。
例如，仔豬的豬瘟免疫程式，根據豬瘟母源抗體下降規律，一般採取20~25日齡首免，而有豬瘟病毒感染或受豬瘟病毒威脅的豬場應實行超前免疫，即在仔豬剛出生就接種豬瘟疫苗，待1小時後才讓其吮初乳，在55~60日齡再加強免疫一次。
3、免疫次數免疫接種的次數
應根據免疫接種後產生免疫力的強弱、免疫應答能力的高低、免疫力維持時間的長短、當地疫病流行的狀況和生產需求的不同等因素來確定。
例如幼齡豬免疫器官尚未發育完全，對疫苗的免疫應答能力相對較弱，初次免疫時產生免疫力較慢，抗體消失快，平均抗體效價達不到合格水準，起不到保護的作用，一般需要再加強免疫一次甚至多次才能起到免疫保護。另外根據免疫學的原理，許多疫苗經兩次以上的重複接種，才能達到最佳的免疫效果（如口蹄疫、偽狂犬病、乙型腦炎等疫苗）。
4、選擇合適的疫苗弱毒疫苗、滅活疫苗、單價苗、多價苗、聯苗、基因工程苗等不同性質的疫苗和不同廠家不同品質的疫苗，其產生免疫所需時間、免疫期的長短、免疫途徑、免疫效果和接種反應等均不相同。接種疫苗必須有針對性，合適的疫苗能刺激機體儘快產生免疫力。因此，應根據實際情況選擇合理的疫苗類型、合理的免疫途徑，達到較好的免疫預期。萬一免疫程式發生衝突，非必須免疫必須讓步，以保證必須免疫的完成，也可以將免疫程式稍做微調。病毒性活疫苗和滅活苗可同時分開使用，兩種細菌性活疫苗可同時使用。一般應採用弱毒疫苗和油佐劑滅活疫苗搭配使用，以建立局部免疫和全身免疫，達到綜合預防的目的。
5、免疫途徑
接種疫苗的途徑有注射、飲水、滴鼻等，應根據疫苗的類型、疫病特點及免疫程式來選擇每次免疫的接種途徑。例如：滅活苗、類毒素和亞單位苗不能經消化道接種，一般用於肌肉注射；有的豬氣喘病弱毒凍幹苗採用胸腔接種;偽狂犬病基因缺失苗對仔豬採用滴鼻效果更好，它既可建立免疫屏障又可避免母源抗體的干擾。合理的免疫途徑可以刺激機體快速產生免疫應答，而不合適的免疫途徑可能導致免疫失敗和造成不良反應，同種疫苗採用不同的免疫途徑所獲得的免疫效果是不一樣的。
6、不同疫苗之間的干擾與接種時間的科學安排
將兩種或兩種以上無交叉反應的疫苗同時免疫接種時，機體對其中一種疫苗的免疫應答降低，因此，為保證免疫效果，對當地比較流行的傳染病最好單獨接種，同時在產生免疫力之前不要接種對該疫苗有拮抗作用的疫苗，在免疫接種後，如果豬場短期內感染了病毒，由於抗原(疫苗)競爭，機體對感染病毒不產生免疫應答，這時的發病情況有可能比不接種疫苗時還要嚴重。例如，在接種豬偽狂犬病弱毒疫苗時，必須與豬瘟間隔3-5天以上，以避免偽狂犬病弱毒疫苗對豬瘟的免疫干擾作用。又如豬繁殖與呼吸障礙綜合征活疫苗影響豬瘟活疫苗的免疫應答。
7、使用免疫保健增強劑
在豬群免疫過程中，添加免疫保健增強產品可以有效的降低疫苗應激，增強疫苗免疫效果，如在疫苗注射期全程添加0.5%的奧得曼A，增強豬群的非特異性抗病力，還能大幅度提高血液中溶菌酶水準，尤其是提高機體免疫系統活性，增加免疫細胞數量，提高機體抗感染閾值。