淨化車間區與控制區的建築裝修應便於清洗、維護，表面要平整，不應有顆粒性物質脫落。根據規範要求，建設淨化工程時，淨化車間設計應滿足的以下幾點要求。
淨化車間設計考慮圍護結構和室內材料，要選用氣密性良好，同時在溫度、濕度等變化時，本身變形小的材料;牆壁和頂棚表面應光潔平整、不起灰、不落塵、耐腐蝕、耐衝擊、易清洗。為了使淨化車間的建築表面儘量少積灰、易清掃，應在建築構造上避免或減少凹凸面，牆面與地面、牆面與頂棚、牆面與牆面的相接處也不宜做成一般的直角，宜做成半徑大於或等於50mm的圓角。壁面塗層的色彩要和諧、雅致、素淡，以便於顯現壁面上的污染物。同樣，淨化車間設計地面時也應做到平整、無縫隙、耐磨、耐腐蝕、耐衝擊、不積聚靜電、易除塵清洗。
為了避免技術夾層內的微粒、微生物污染淨化車間，在淨化車間設計時，其牆面和頂棚抹灰(應為高級抹灰)。如果需要在技術夾層內更換高效篩檢程式，夾層內的牆面，頂棚還應刷上塗料罩面。送風道、回風道、回風地溝的表面裝修應與整個送風、回風系統相適應，並易於清掃消毒。
淨化車間設計時，門窗與內牆面宜平整，儘量不留窗臺。外窗的層數和門窗的構造要根據室外空氣的污染程度，淨化車間設計室內外溫度、濕度，室內外壓差，以及房間的潔淨度等因素綜合考慮，務求其構造能對空氣和水蒸氣起到密封作用，使污染物不易從外部侵入，並能避免內表面結露。為了防止潔淨區域內部的交叉污染，室內不同潔淨度房間之間的內門、內窗以及隔斷處等的縫隙均宜密封。門窗造型要簡單，不得設置門檻，以便清掃。
為了保證淨化車間的潔淨度，潔淨區要做到窗戶密封。淨化車間設計時，空調區與非空調區之間的窗戶要設雙層窗，至少其中一層為固定窗。另外，不同潔淨級別淨化車間之間的聯繫門要密閉、平整、造型簡單，且門應向級別高的方向開啟。