潔淨室工程技術含量高、綜合性強，須由持有國家空氣淨化工程專業的潔淨公司專業施工。潔淨公司施工時，須著重注意如下幾個方面。
環保與節能
環保、節能都屬於國家戰略。實施潔淨室工程，施工材料在運輸、儲存和施工過程中，嚴禁污染環境，廢棄物單獨處理，根據環保雜訊保准日夜要求的不同，合理協調安排施工分項的施工時間，採取節約用電、用水措施。
品質保護
嚴格按照施工圖及相關規範施工，對於進場材料按規定進行抽查，測試，合格後方可使用。對於關鍵部位宜進行樣板制施工，待業主和監理工程師認可後大規模施工。對於特殊製作工序，必須制定特殊工序規定，施工人員應熟練掌握特殊工序的規定。應及時填寫施工檢查記錄和施工驗收記錄以及其他應予填報的記錄，做到檔與工程同步。
安全保證
實施潔淨室工程時，應有安全保證的應急救援預案，所有施工人員應有安全培訓，並在重要位置做好安全標識，加強施工現場的防火工作，嚴格執行防火安全規定，責任到人，杜絕現場動用非生產性明火。
成品保護
實施潔淨室工程時，設備材料應有防雨雪、防曬的措施，避免設備材料鏽腐老化，對於空氣篩檢程式等重要器材與設備，應設置專門區域保管，統一全場成品保護和警示標識。
特殊氣象條件施工
設有臨時加溫設備，確保冬季施工的要求。可能有零度以下環境溫度時，應有施工用水管道的保溫防凍措施。另外，實施潔淨室工程時，施工區域內應做好防雨措施，沙塵暴期間應關閉通向外界的所有孔口，停止系統的運行、調試。