1． 高大上的頂層設計難落地
頂層設計難以落地原因之一是過於“高大上”，高大上的規劃超越了地區經濟的支援能力、超越了需求的消化能力、超越了應用效益回收成本的能力，甚至超越了政府投資決策的心理承受力，直接阻礙了頂層設計的落地。
2． 未跟上新型智慧城市的發展理念
國家網信辦與國家發改委提出了建設新型智慧城市的要求：強調以人為本，提供讓人民有獲得感的惠民服務，強調政府城市治理與公共服務能力的提升。一些頂層設計還沒有跟上新型智慧城市的節奏，沒有堅持為民服務的方向繼續技術導向、重建設輕服務的方案影響頂層設計的落地。
3． 難以測量的效益目標
某些頂層設計方案的效益目標過於抽象而難以檢查與測量，例如“提高政府決策能力”、 “提高資訊共用水準”、“消除資訊孤島”、 “充分發揮資料資源的作用”等。這些不可測量的目標不是來自使用者需求，而是來自資訊化推理，把資訊化工具如“資訊共用”、“大資料應用”當成資訊化目標了，把工具應用當目標必然會造成終極目標的模糊及效益不可測量。
4． 未能有效控制運行成本
頂層設計不能有效控制運行成本，也不討論運行經費的持續保障問題必然會難以持續。長期運行的系統必須考慮的運營中的經濟平衡，使智慧城市建設方案能夠得到足夠的財政支援。很多頂層設計方案對項目的長期財政平衡估計得不充分，使一些項目有錢建設卻無錢運行，例如在資料開放與共用方面經常忽略資料品質維護的成本，使資料共用與資料開放不可持續。
5． 沒有調動社會資源的措施
新型智慧城市強調的開放、共建、共用的發展理念，要動員全社會的力量共建智慧城市，但很多頂層設計沒有具體的措施來支持共建理念，智慧城市的規劃始終是政府獨家的規劃，不向公眾公開，資料、介面、平臺都不向企業開放，公眾不瞭解政府的構想又沒有發表意見的管道，無法形成智慧城市共識，社會各界難有參與的積極性。電子政務可以政府為主多做一些，但智慧城市不同，沒有公眾積極參與建設和應用創新的城市永遠算不上智慧城市。
