並不是頑皮狗所有關於《神秘海域4：盜賊末路》的想法都最終被做到了遊戲當中，由於某些原因，開發者們不得不將一些情節和遊戲元素從遊戲中去掉。在最近與Glixel的訪談當中，《神秘海域4》的總監之一Neil Druckmann談到了遊戲中刪掉了很多內容。
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“原本有一個做飯的情節，你可以真正地選擇一些調料進行混合。你可以把菜做得很辣。根據做得有多辣，他們就會有不同的對話。這個情節刪掉了。
“本來有一個在監獄庭院裡閒逛的設計，你可以一邊與其他犯人交談，一邊尋找山姆。後來我們覺得要跳過這一部分。 “在蘇格蘭，本來你可以打雪仗的。而且之前這個內容確實已經實現了。你可以隨處捧起雪（團成雪球）扔向山姆，而且他也可以向你扔雪球。不過從這裡的調性來說感覺不對。
“在地圖室倒塌的時候，我們還設計了這麼一個橋段：吊車倒塌掉進洞穴裡，你需要攀爬穿過吊車的操作間，還需要在操作間旋轉翻滾時牢牢抓穩。在最終成品確定之前，這一部分屬於最難刪掉的一部分，因為它存在了很長一段時間。
“原本你可以在終章裡逗弄小狗。本來在你走到房間外的時候能夠看到一個球，你可以把球撿起拋出。小狗具有AI，能夠把球撿回到你你手中。
“另外還有一個很棒的機制叫做可射擊把手。有些特定的表面，你可以對其進行射擊，然後表面會產生一些洞，它能夠讓你當作把手進行攀爬。只是我們覺得很難為這個機制創作合適的臺詞，而且很難保證你在那些地方的時候有彈藥。但是作為一個原型設計，這個機制還是很有意思的。
“（你們都知道）遊戲的開場是在一艘小船裡，但實際上直到最終完成的時候它才成為了遊戲的開場。（在原來的設計中）你從小船掉到海裡，與山姆分開，然後你需要一路遊到海岸。幾分鐘裡，你不停地游泳並迷失海上。這太長了而且並沒有必要。
“有一處（刪掉的地方）讓我憤憤不平。在莊園裡，當你讓兩個孩子玩耍的時候，他們會撿起牆上的劍並假裝進行擊劍對決。我們當時想讓這裡的機制和最後你進行Boss戰的時候的機制一樣。然而我們刪了這一部分。”
在被問到如果將來真的有那麼一天《神秘海域4》推出“導演剪輯版”，是否會將以上的這些內容加到遊戲裡時，Druckmann表示他只希望能夠把孩子的擊劍對決放到遊戲裡，這是唯一一處他覺得不會對遊戲的“節奏、調性以及其他方面造成傷害”的內容。