端午節，國人在這個傳統節日裡使用一些中草驅邪、防病已成為一種習俗。原因是端午節正值仲夏，此時氣溫升高，降雨增多，空氣濕度增大，病原微生物及各類害蟲繁殖盛行，傳染病極易傳播。使用中草藥可以殺除和抑制病原微生物的生長繁殖，殺滅和驅趕各類蟲害，阻斷和減少病原菌的傳播，從而達到去病延年的目的。
一般來說，端午節常用中草藥有艾葉、菖蒲、青蒿、佩蘭、龍船花、余甘子、香茅、柚葉等。使用方法可懸掛，煮水飲用或沐浴，泡酒飲用。
艾葉：又名家艾、艾蒿，是菊科植物。其莖、葉都含揮發性芳香油，所產生的奇特芳香可驅蚊蠅、蟲蟻，淨化空氣。中醫學上以艾入藥，有理氣血，暖子宮、祛寒濕的功能。將艾葉加工成“艾絨”，是灸法治病的重要藥材。
菖蒲：菖蒲是天南星科植物，性溫，味辛、苦，根莖含有揮發性芳香油，其中主要成分為細辛醚、細辛醛等，具有化痰開竅，除濕健胃，殺蟲止癢之功效。端午前後，有些地區家家戶戶在門前掛菖蒲，飲雄黃酒，目的是驅蚊滅蟲，殺菌防病。
青蒿：青蒿有香氣，所含的揮發油占全草的0.3~0.5%，主要成分是桉油精、古旋樟腦等，全草可以提取青蒿素，能清熱解毒，還能抑制病菌生長，就農曆五月份的氣候而言是很好的防病治病的草藥。
余甘子用於血熱血瘀，消化不良，咳嗽，喉痛。端午節粽子吃多了，容易膩，加之近期感冒咳嗽多發，可以用炮製後的余甘子泡茶飲用，消食降脂，緩解咳嗽。
香薷：又稱香茅、蜜蜂草，為唇形科植物海州香薷的帶花全草。具有發汗解暑、行水散濕、溫胃調中之功效，適用於夏季感冒，惡寒發熱，頭痛無汗，或兼有腹痛吐瀉，小便不利等症。
柚子葉：柚子葉是芸香科植物，柚子的葉子所含的揮發油有橘子皮的味道。具有祛風止痛，散寒除濕，消食導滯之功效，可治頭風痛，寒濕痹痛，食滯腹痛。是民間用來祈福、驅邪、避穢、消毒的祥瑞之物，經常用來煮水洗手或沐浴。