1.一次色跟色問題
印刷生產中，一次色（CMYK）的跟色比較難，主要是由於油墨色相與印表機的墨水色相不同，數碼樣的一次色都是通過不同比例的CMYK墨水合成的設備耗材。而印刷CMYK單色時，加減墨量只會改變顏色的深淺，不會改變顏色的色相中部印刷。因此，一旦色相不對，便無法跟到數碼樣。
2.中性灰跟色問題
中性灰色也是比較難跟的一個色系，在印刷過程中，其中某一色版的網點稍微有點變化（甚至1％的網點變化），人眼就能感覺出來，對於印刷來說，控制網點在細小範圍內的變動很難。
3.二次色的暗調跟色問題
二次色主要指C＋M、C＋Y、Y＋M、C＋K、Y＋K、M＋K，這些顏色的暗調部分在印刷跟色中也很難完全匹配，特別是C＋M合成的藍紫色，Y＋M合成的大紅，其道理跟中性灰色的跟色一樣，人眼對這些顏色很敏感，印刷中供墨量稍有變化，就會產生很大的視覺變化具。
4.相同色系的大面積色塊和圖像的組合
大面積的色塊用墨量多，而且還容易看出顏色的差別，當大面積色塊與圖像排在同一墨路時，印刷墨量的控制很難同時照顧到兩者。
5.相反色調的組合
同一墨鍵位置有主色調相反的圖像時，印刷不容易跟色中部印刷。比如上面排一個藍天風景，下面排一個人物肖像，為了突出上面的藍天，需要加大C的墨量，而為了突出人物膚色又需要減少C墨物資行情。這樣一旦數碼打樣稍有偏差，無法通過調整印刷墨量來跟色。
6.專色打樣跟色
從目前的實際生產情況來看，基本上還不能實現專色的模擬打樣中部印刷。專色的色相多以標準色譜為主，數碼打樣只作為參考印刷市場。在打樣過程中，一般都是將專色轉換為油墨CMYK四色，再用列印墨水來模擬，在專色轉CMYK套印色過程時，容易產生誤差。