影響水晶價格的因素有：品質、淨度、雜質、大小、樣式、進貨管道等。
水晶的評價標準：
水晶的評價標準和高端寶石有所不同。多數高端寶石把顏色放在評價的第一位，而對水晶來說，顏色和淨度（水晶行業稱作晶體）是近乎同等重要的因素：
顏色：對任何寶石來說，顏色都是非常重要的，水晶也不例外。如果是水晶晶體是有顏色的，如粉水晶、黃水晶、紫水晶等，其顏色評價的最高標準則是明豔動人，不帶有灰色、黑色、褐色等其他色調。如粉水晶，顏色以粉紅為佳；紫水晶，要求顏色為鮮紫，純淨不發黑；黃水晶，要求顏色不含綠色、檸檬色調，以金橘色為佳。對於發晶來說，晶體的顏色也是很重要的。相同髮絲的金髮晶，晶體完全無色（白水晶）和晶體略偏茶色，肉眼的視覺觀感也是有差別的，所以前者的價格會高於後者。
淨度：水晶與高檔寶石的淨度要求有很大不同。高檔寶石稀少罕見，所以一般人們普遍對高檔寶石的淨度不會過於苛求。而水晶的產量著實大得驚人，所以通常人們會要求水晶淨度越高越好，儘量避免有較明顯的內含物的水晶。
雜質：如果水晶內部雜質中有傳說中人物的造型，如佛、星座、生肖等價值可能要高於同等顏色和淨度的水晶。
國家還並未給天然水晶提供一個等級劃分的具體標準，水晶品種繁雜，每一品種都有他不同的評判標準。