生物界是由動物界、植物界和微生物界三界構成的。日常生活中人們往往很少注意微生物界，然而，微生物給生活帶來的影響又是極其重大的。在茶葉大家族中最奇特，與微生物關係最密切的就是普洱茶。
普洱茶的神奇，一方面是普洱茶歷經滄桑，伴隨茶馬古道產生神秘的茶的故鄉——彩雲南。雲南有著豐富的大葉種茶樹資源和多民族飲茶習俗及民族風情。關於這方面，國內外崇尚普洱茶的研究人員、文人、商人、和愛茶人，都從不同的角度展開了研究和闡述，推動了普洱茶的健康發展。然而，在新世紀，科學、客觀地宣傳和發展普洱茶，瞭解與普洱茶相關的微生物的知識是必要的。我們研究表明，在普洱茶的品質形成中微生物起了重要作用。可以這麼說，沒有微生物就沒有普洱茶。我們知道，有益的微生物對人體的作用表現在普洱茶上主要有兩方面：第一是形成普洱茶良好品質的特徵，甘滑、醇厚和陳香等特點；第二是代謝有益物質于普洱茶中增強普洱茶保健功效，形成茶類中的特色茶。在這裡，讓我們一起像探尋茶馬古道一樣，走進微生物的世界重新認識雲南的普洱茶。
雲南普洱茶渥堆過程中的主要微生物有黑麯黴、青黴屬、根黴屬、灰綠麯黴、酵母屬、細菌類。細菌數目極少，沒有發現有致病細菌。這些微生物中，有黑麯黴、酵母菌、根黴屬在不同的環境條件下或加工過程中優勢地位交替變化，由於優勢菌群在不同階段的作用，最終形成了目前現行廠家不同的多樣性的普洱茶。
黑麯黴與普洱茶
黑麯黴是一種低等真核生物，作為世界公認的安全可食用性，在工業生產和學術研討中佔有重要的地位。作為參與普洱茶品質形成的重要菌種，研究其生命週期極其代謝產物變化有著重要意義。
在普洱茶大生產發酵渥堆過程中，黑麯黴數量始終處於優勢地位，黑麯黴數量始終處於優勢地位，黑麯黴可以生產胞內、胞外兩類黴，有20種左右的水解黴，其中葡萄糖澱粉酶、纖維素酶和果膠酶，可以分解包括多糖、脂肪、蛋白質、天然纖維、果膠和非可溶性化合物等有機物。水解產物大多為單糖、氨基酸、水化果膠和可溶性碳水化合物，使茶葉內含有效成分易於滲出、擴散，為增強茶湯的滋味和形成普洱茶幹滑、醇厚的品質特色奠定了堅實的物質基礎。所以說，在普洱茶發酵過程中黑麯黴代謝產生的有機酸和酶對普洱茶品質的形成有著重要的作用。並且在普洱茶渥堆過程中黑麯黴始終是以優勢菌群作用於普洱茶。
青黴屬與普洱茶
在普洱茶渥堆過程中青黴產生多種酶類及有機酸，同時，產黃青黴代謝產生的青黴素對雜菌、腐敗菌可能有良好的消除和抑制生長作用。因此，我們認為產黃青黴對普洱茶醇和品質的形成有輔助作用。
根黴菌與普洱茶
根黴菌的澱粉酶活力較高，能產生有機酸，還產生芳香的酯類物質，但由於分泌果膠酶能力強，普洱茶在渥堆中茶葉軟化也與該黴滋生有關。在渥堆中的每個階段，控制好適當的溫度和濕度，提高根黴菌的比例，有利於普洱茶粘滑和醇厚品質的形成。
灰綠麯黴與普洱茶
該菌種會使食品腐爛變質。生產中應儘量避免菌群的滋生。經試驗可知，在大生產中出現得較多，而模擬、滅菌渥堆試驗加工的普洱茶中出現的很少，後期消失。因此，控制堆溫、改善制茶環境衛生有利於純正普洱茶品質的形成。
酵母屬與普洱茶
酵母屬是普洱茶品質形成的重要菌種。
在普洱茶渥堆中，由於濕熱作用為酵母菌的代謝活動創造了良好的環境，增強了酶的活性，同時也給茶葉的化學成分變化提供了熱源。加之黴菌能利用各種多糖作為碳源進行糖代謝，並產生大量的多糖和單糖，為酵母提供足夠的營養後迅速繁殖。當提供有利於酵母菌滋生的環境，使其迅速繁殖，加工中茶葉的品質表現為香甜、醇滑的特點。可見，普洱茶甘甜、醇厚品質特點的形成直接與酵母菌消長相關。也就是說，普洱茶所表現出的陳香、醇、甘、滑等品質特點與發酵過程中的優勢菌種是分不開的。
在發酵過程中，大分子碳水化合物被分解成小分子的糖及可溶性糖，可溶性糖是構成普洱茶湯滋味和粘稠度的重要物質，同時，表現在感官上所謂的“甘”。茶葉中所含蛋白質占物質量的15%~30%，經加工後分解為多種氨基酸，賦予茶湯營養及新鮮口感；芳香物質及糖類經複雜生物化學反映產生萜烯醇化合物，並表現出陳香味；茶多酚是茶葉中最有特徵性的物質，發酵後形成的茶色素，賦予茶湯獨特的顏色以及普洱茶古樸的紅褐葉底色澤。
由此可見，酵母菌在普洱茶品質形成過程中起著重要的作用。如果在普洱茶渥堆過程中數量控制得當，可以增加普洱茶的有效營養物質以及對人體有保健作用的物質，賦予普洱茶區別於其他茶類的有獨特療效的品質特點，而且有利於形成普洱茶甜、醇、香等品質風格。但是，如果控制不當，則會形成辣、刺、叮、麻、掛、鎖、酸等不利的物質，影響和降低普洱茶的品質。所以，良好普洱茶具有的甘滑、醇厚、活順、陳香等品質特點與酵母在普洱茶渥堆中的作用有密切的關係。
細菌與普洱茶
在普洱茶渥堆過程中，細菌數目極少，沒有發現致病細菌，這是各種微生物之間拮抗作用的結果。如酵母和黴菌的大量繁衍，能抑制細菌的生長。同時，國內外研究表明，茶葉中的茶多酚也能抑制對人或動物有致病性的細菌的生長繁殖。
在普洱茶渥堆過程中，除上述幾種微生物外，還有少量和極少量未檢出的微生物。結合普洱茶渥堆過程中主要微生物的消長變化與品質關係的研究結果可知：普洱茶製作過程中微生物的菌種變化是極其複雜的。從不同處理比較分析可知，黑麯黴始終處於優勢地位，酵母菌的總數居次，細菌數目極少，沒有發現有致病細菌。在普洱茶渥堆過程中，這些微生物都對普洱茶的品質形成產生作用。有的微生物自始至終對普洱茶品質形成發揮著重要的作用，有的微生物是在普洱茶加工的某一階段發揮著形成普洱茶獨特風格的作用，有的微生物則不利於普洱茶品質的形成。因此，在普洱茶加工過程中從原料入手，研究普洱茶品質形成的水熱條件，分析普洱茶渥堆過程中微生物的生理特性是揭示普洱茶品質形成機理的核心內容。
微生物生命活動和代謝產物是普洱茶形成的重要因數。在渥堆的過程中，由於濕熱作用為微生物的活動和代謝創造了良好的條件，同時也給茶葉的化學成分變化提供了熱源，加強了酶系活動。又因黴菌能利用各種多糖作為碳源，進行糖代謝，產生大量的多糖和單糖，為酵母提供足夠的營養後迅速繁衍，酵母和黴菌的大量繁衍，抑制了細菌的生長。同時，這些微生物所分泌的酶對茶葉內含成分進行了各種各樣的轉化作用。由此可見，良好普洱茶具有的甘滑、醇厚、活順、陳香等品質特點與黑麯黴和酵母在普洱茶渥堆中主從優勢有密切的關係。
總之，在微生物作用、酶促作用和濕熱作用下，茶多酚的氧化、縮合，蛋白質和氨基酸的分解、降解，碳水化合物的消耗與分解以及各產物之間的聚合、縮合等一系列反應，使得色澤黃綠、滋味純正尚澀、香氣清鮮純正的曬青毛茶轉變為色澤紅褐、滋味純正回甘、香氣陳醇的普洱茶。所以，微生物是雲南普洱茶品質形成中起決定性作用的重要因數。這也是科學地證實了普洱茶獨特品質形成和獨特的保健功效與微生物是分不開的。