柴油發電機冷卻水量不足會降低其冷卻效果，柴油機因得不到有效的冷卻而過熱；冷卻水、機油的油溫過高，也會引起柴油機過熱。此時柴油發電機氣缸蓋、氣缸套、活塞組件及氣門等主要受熱負荷大，其機械性能如強度、韌性等急劇下降，使零件變形增加，減小了零件間的配合間隙，加速機件磨損，嚴重時還會產生裂紋、機件卡住的故障。柴油發電機過熱還會惡化柴油機燃燒過程，使噴油器工作失常，霧化不良，積炭增多。
柴油發電機組熄火後冷卻系水的迴圈停止，散熱能力急劇降低，受熱件失去冷卻，易造成氣缸蓋、氣缸套、氣缸體等機件過熱，產生裂紋，或使活塞過度膨脹卡死在缸套內。另一方面，柴油發電機停機時未經怠速降溫，會使摩擦面含油不足，當柴油機再次啟動時會因潤滑不良而加劇磨損。因此，柴油發電機熄火前應卸載負荷，並逐漸降低轉速、空載運轉幾分鐘。
若猛轟油門，則柴油發電機轉速急劇升高，會造成機上的有些摩擦面因產生幹摩擦而劇烈磨損。另外，轟油門時活塞、連杆和曲軸受理力變化大，引起劇烈撞擊，易損壞機件。
柴油發電機冷機啟動時，由於機油黏度大、流動性差，是機油泵供油不足，機器摩擦面因缺油潤滑不良，造成急劇磨損，甚至發生拉缸、燒瓦等故障。因此，柴油機冷卻啟動後應怠速運轉升溫，待機油溫度達到40℃以上時再帶負荷運轉;機器起步應掛低速擋，並循序在每一擋位行駛一段里程，直到油溫正常、供油充分後，方可轉為正常行駛。
柴油機在機油不足時運轉，此時會因機油供給不足而造成各摩擦副表面供油不足，導致異常磨損或燒傷。為此，柴油發電機起步前和柴油機運轉過程中要保證機油充足，防止由於缺油而引起拉缸、燒瓦故障。